小門位於西嶼鄉北端高地，為一獨立小島。小門嶼是典型的方山地貌，特殊地質景觀正是澎湖地形的縮影，這一座大自然的地理教室，不僅融合景觀遊憩，更是戶外教學的最佳場所。
 
小門地質館於民國90年興建，弧形造型融合菊島特有石材建築。地質館內主要以澎湖特有的地質地形為主題，展示澎湖各類岩石；以圖文展示小門嶼的自然生態與人文景觀，內部設有8個不同的主題區：澎湖、小門地景模型區、岩石區、小門嶼生態區、小門海洋區、小門人文區、標本展示區、花草蟲鳥展示區，都有詳細介紹，在這可一覽澎湖所有岩石地質風貌；尤其六角型的小門嶼展示空間，身歷其境感受迷人生態的時空之旅。
 
館內之展示除了小門當地的地質構造說明外，更可說是澎湖地形、岩石的教學展現中心。以澎湖地質、地形、地貌為展示主題，並結合小門村的自然與人文資源，包括動植物、文石等等。在軟體服務上提供預約與定時導覽。
 
位於館舍周圍擁有豐富的戶外地質景觀，如位於小門嶼的鯨魚洞，是一個外觀形似鯨魚的玄武岩洞，傳說是有巨鯨受困此處，撞擊而成。附近有許多造型奇特的玄武岩石柱以及石老石古石築成的菜宅景觀，都值得前往遊玩觀賞。