澎湖地區除了擁有得天獨厚的海上風光以外，海底世界亦富含一片美麗的珊瑚礁世界。馬公本島內海南端的青灣，為紗帽山以西至風櫃之間的天然灣澳，這座海灣是以珊瑚所構成的珊瑚礁生態系，造礁珊瑚平均覆蓋率高達60%-80%以上，珊瑚白化現象在此區最為輕微，構成澎湖內海最豐富的珊瑚礁生態系，因此成為種類繁多的魚類和無脊椎動物聚集棲息之處。

高覆蓋率的珊瑚綿延在這片蔚藍海域中，多樣特殊的造礁珊瑚交織出更為綺麗的珊瑚礁世界，此區最常見的造礁珊瑚，包含「角星珊瑚」、「棘杯珊瑚」、「波形靈芝珊瑚」、「正菊珊瑚」等，另外還有多變外型的美麗軸孔珊瑚、變異軸孔珊瑚與桌形軸孔珊瑚。此區域還發現兩種稀有珊瑚種類：「擬腎形真葉珊瑚和針狀表孔珊瑚」，這兩種珊瑚目前在台灣只出現在澎湖海域，然而它們卻在青灣生長的相當良好，並且繁衍成龐大的群體，形成罕見壯麗的奇景。